全螢幕 iPad Pro 發表後,蘋果還帶來新一代 Apple Pencil 。新一代 Apple Pencil 要切換工具只需輕點兩下筆身,要配對和充電也能無線進行。除了新功能,蘋果還為 Apple Pencil 第二代增加免費雷射鐫刻服務,客戶可將喜歡的文字刻在 Apple Pencil 上。
兼容性方面,Apple Pencil 第二代只支援這次發表的兩款 iPad Pro,也就是第三代 12.9 吋 iPad Pro 和 11 吋 iPad Pro。Apple Pencil 第二代售價格為 4,190 元。